原书早佚，但其有关内容仍可从后世的《大观本草》、《政和本草》中窥知。陶弘景《本草经集注》的内容，365种系陶弘景录自《名医别录》。原书的收药数目，应该在730种以上，因为这一数目是陶弘景在编录成二部独立的著作时筛选出来的，当时可能摒弃了一部分主观上认为不用的药物。从药物的分类方法来看，仍然是《本草经》那种三品分类法，即按药物的治疗作用粗分上、中、下三品，同时在每一品之下，又粗略地将植物、矿物、动物等类药大致做了归类。